Las hipótesis más importantes que se ofrecen para explicar el mecanismo real del trastorno del estado de ánimo se orientan a las alteraciones de la regulación de los sistemas neurotransmisores monoamínicos, en particular los de noradrenalina y serotonina (5-hidroxitriptamina) .Sobresaliente están las observaciones de que un numero importante de casos tiene pruebas de aumento o disminución de la función noradrenérgica a juzgar por las concentraciones urinarias de 3- metoxi - 4- hidroxifenilglicol ( MHPG ) principal metabolito de la función noradrenérgica del sistema nervioso central. Otros estudios han señalado una disminución de la actividad serotoninérgica en ciertos subgrupos, a juzgar por las concentraciones del ácido 5- hidroxiindolacético (5-HIAA ), metabolito principal de la actividad serotoninérgica en el cerebro . Se han publicado informes de que la monoaminooxidasa (MAO) y la catecol- O-metiltransferasa (COMT), enzima importantes en el metabolismo de las monoaminas, están disminuidas.

El tratamiento del trastorno bipolar depende, de manera específica, del trastorno de la conducta en el momento de la presentación. El agente de la elección para el estado maníaco agudo es el carbonato de litio aunque quizá se requieran 10 a 14 días antes de lograrse el efecto total. Se informa una reacción favorable al litio en 65 a 75 % de los pacientes maníacos bipolares. Las complicaciones son un poco raras, pero no lo es la depresión de "rebote" transitoria después de la resolución de un estado maníaco. El tratamiento del trastorno bipolar I cambio cuando gran cantidad de estudios demostraron la eficacia de dos anticonvulsivantes (carbamazepina y valproato) en el tratamiento de los episodios maníacos y, posiblemente, en la profilaxis de los episodios maníacos y depresivos del trastorno bipolar I . El litio y posiblemente la carbamazepina y el valproato son los fármacos de primera línea para el tratamiento del trastorno bipolar I , pero en los de segunda línea en la actualidad se incluye

En el tratamiento de la depresión los tricíclicos, los tetracíclicos estrechamente relacionados y los IMAO son antidepresivos clásicos. Estos fármacos son los generalmente empleados, pero al arsenal terapéutico ha aumentado con la introducción de los inhibidores de la recaptación de serotonina y del bupropión . Otros antidepresivos atípicos incluyen la trazodona y el alprazolam. Los simpaticomiméticos (e.g., las anfetaminas) también están indicados para el tratamiento del trastorno depresivo mayor, en situaciones terapéuticas especiales. La mayoría de los médicos eligen un tricíclico o tetracíclico, o uno de los inhibidores de la recaptación de serotonina, como fármaco de primera línea para tratar los trastornos depresivos mayores.